S'il n'a pas crée l'Ordre cistercien, Bernard de Fontaine rejoint les fondateurs dès le début du XIIe siècle et son action est directement à l'origine de l'expansion de l'ordre. Il créa, avec ses compagnons, l'abbaye de Clairvaux, l'une des premières "filles" de Cîteaux ; conseiller écouté des Princes et des Rois qui le consultaient, il fut chargé des missions les plus délicates par le Pape, notamment prêcher la Croisade et ramener les Cathares dans la vraie foi, et se dépensa sans compter au service de la chrétienté. Dernier Saint à être honoré de la distinction de Docteur de l'Eglise, il est pour les Historiens "lh'omme du XII" siècle".
L'ordre doit le développement considérable qu'il a connu dans la première moitié du XIIe siècle à Bernard de Clairvaux (1090-1153), le plus célèbre des cisterciens qui peut être considéré comme son maître spirituel.
Ses origines familiales et sa formation, ses appuis et ses relations, sa personnalité même, expliquent en grande partie le succès cistercien.
Sa famille est connue pour sa piété ; sa mère lui transmet son inclination pour la solitude et la méditation. Il décide de ne pas embrasser le métier des armes et cherche à se retirer du monde. Il conserve cependant durant sa vie religieuse un sens aigu du combat. « Devenu moine, Bernard reste un chevalier qui encourage ceux qui combattent pour Dieu ».
Persuasif et charismatique, il décide nombre de ses parents à le suivre à Cîteaux, abbaye voisine des terres de sa famille : « Alors la grâce de Dieu envoya à cette église des clercs lettrés et de haute naissance, des laïcs puissants dans le siècle et non moins nobles en très grand nombre ; si bien que trente postulants remplis d'ardeur entrèrent d'un coup au noviciat. » (in Petit exorde de Cîteaux, cité par Georges Duby, "Saint Bernard et l'art cistercien").
Bernard, trois ans seulement après son entrée dans l'ordre cistercien, consacré abbé par Guillaume de Champeaux, évêque de Châlons-sur-Marne, prend la tête de l'abbaye de Clairvaux le 25 juin 1115.
Il se donne tout entier pendant dix ans à la communauté dont il était [...] le père. Puis [[Clairvaux]], bien établi, enraciné, devenu lui-même prolifique, éparpillant à son tour, à Trois-Fontaines, à Fontenay, à Foigny, de toutes parts sa descendance,
Bernard cesse de parler seulement pour les religieux de son monastère. Tout en veillant sur Clairvaux dont il est resté toute sa vie abbé, Bernard a une influence religieuse et politique considérable en dehors de son ordre. Toute sa vie, il est guidé par la défense de l'ordre cistercien et ses idéaux de réforme de l'Église.
On le voit sur tous les fronts et sa vie est riche de paradoxes : il clame son désir de se retirer du monde, pourtant il ne cesse de se mêler des affaires du monde. Il est volontiers donneur de leçons, mais assuré de la supériorité de l'esprit cistercien, il accable de reproches ses frères clunisiens. En 1125 il publie son ''Apologie'' dédiée à Guillaume de Saint-Thierry où il oppose les doctrines cistercienne et clunisienne et ruine ses adversaires. On connaît de lui plusieurs centaines de lettres.
Il a des mots très durs pour fustiger les clercs et les prélats qui succombent aux richesses matérielles et au luxe. Il ne refuse pas rouerie, ruse, mauvaise foi ou injures pour abattre son adversaire. Le théologien Pierre Abélard en fait la dure expérience.
On le voit en Languedoc tenter d'enrayer les progrès de l'hérésie. Il parcourt la France, l'Allemagne, mobilisant les foules après le prêche de Vézelay (31 mars 1146) pour lancer la Deuxième croisade. Il intervient dans la désignation des papes, dont il finit par faire triompher la cause : Innocent II contre Anaclet II, et va même jusqu'à donner des leçons aux souverains pontifes.
Les fondations se poursuivent sur un rythme soutenu, ainsi les abbayes de la Cour-Dieu et de Bonnevaux. L'ordre, à l'assise bourguignonne, gagne le Dauphiné et la Marne, puis, en peu de temps, tout l'Occident chrétien. Il n'est pas une nation catholique, de l'Écosse à la Terre sainte, de la Lituanie et la Hongrie au Portugal, qui n'ait connu les cisterciens dans l'un de leurs sept cent soixante-deux monastères. De Clairvaux sort finalement le plus grand rameau de l'ordre cistercien : trois cent quarante-et-une maisons dont quatre-vingts filles directes dispersées dans toute l'Europe, davantage que Cluny qui n'en compte que 300 environ. Ainsi, le poids de l'abbaye de Clairvaux ne cesse de croître, en particulier, grâce au nombre de ses filiales qui dépasse celles de Cîteaux, dans les décisions prises lors des Chapitres généraux.
Lorsqu'il meurt le 20 août 1153, honoré par tout le monde chrétien, il a fait de Cîteaux un des principaux centres de la chrétienté, un haut lieu spirituel.
L'arbre de filiation des abbayes cisterciennes, témoigne de la formidable expansion de l'ordre depuis sa création en 1098, lorsque l'Abbé bénédictin Robert de Molesmes, obtint l'autorisation du pape de "se retirer au désert", au fond d'un marais inhospitalier de Bourgogne, appelé "Cistel", et 1153, lorsque s'éteignit saint Bernard, dernier docteur de l'Eglise, le plus connu et emblématique des cisterciens, dont l'influence sur le XIIe siècle fut telle que les historiens le qualifient de "siècle de saint Bernard".