Conseillers et légats du Pape dans toutes les affaires qui secouaient la Chrétienté, conseillers des Princes et des Rois dans toutes les grandes cours européennes, dotés d'immenses domaines agricoles qu'ils surent faire habilement fructifier par les révolutions technologiques qu'ils apportèrent à l'égriculture et même à la première révolution indisutrielle dont ils furent un acteur essentiel par leur maîtrise de l'eau et du vent, ils dominent totalement l'histoire des XIIe et XIIIe siècles, où l'extraordinaire expansion énonomique et démographique démontrent un progrès remarquable par rapport aux sombres siècles précédents

L'apogée politique aux XIIe et XIIIe siècles

Avec saint Bernard qui intervient de façon plus ou moins directe comme arbitre, conseiller ou guide spirituel dans les grandes questions du siècle, l'ordre cistercien prend le rôle de gardien de la paix religieuse.
Avec le soutien de la papauté, des rois et des évêques, l'ordre prospère et grandit. Les autorités laïques et ecclésiastiques souhaitent qu'il insuffle son esprit dans l'Église régulière et séculière. Par exemple, Pierre, abbé de la Ferté, est porté à la dignité épiscopale vers 1125. L'ordre semble devoir jouer un rôle nouveau dans la société, rôle qu'il s'était jusqu'alors refusé d'assumer dans le siècle. Au douzième siècle, l'ordre cistercien exerce une grande influence politique. Bernard de Clairvaux pèse lourdement sur le choix du pape Innocent II en 1130 puis sur celui d'Eugène III en 1145. Cet ancien abbé cistercien prêche à sa demande pour la deuxième croisade qui emmène en Terre sainte Louis VII de France et Conrad II du Saint-Empire.

C'est Bernard qui fait reconnaître l'Ordre du Temple.

Au XIIe l'ordre fournit à l'église 94 évêques et le pape Eugène III.Cette expansion assure aux Cisterciens une place prépondérante non seulement au sein du monachisme européen mais aussi dans la vie culturelle, politique et économique. Bernard, maître à penser de la Chrétienté, appelle les seigneurs à la Deuxième croisade le 16 février 1147 ; les Cisterciens prêchent lors de la troisième croisade (1188-1192), certains frères y participent personnellement.

L'ordre se manifeste lors de l'évangélisation du Midi de la France et dans la lutte contre les catharisme, dont la doctrine est condamnée et combattue par l'Église. Arnaud Amaury, abbé de Cîteaux, est nommé Légat par le pape et organise la croisade contre les Albigeois. Les cisterciens précèdent les Dominicains sur ces territoires, y assurent la prédication et organisent la répression de l'hérésie.

Ils se voient chargés de missions de christianisation, protégés par le bras séculier, pénètrent en Prusse et dans les provinces baltes. Défenseur des intérêts du Saint-Siège, ils prennent parti dans les "Querelle des Investitures" (querelles entre le Pape et l'Empereur), les Cisterciens soutenant les visées théocratiques du pontife. Cette crise renforce, sur un plan institutionnel, l'ordre qui cherche à gagner en cohérence. À la faveur de ces nouvelles prérogatives, « une nouvelle communauté naît [...] qui s'éloigne du modèle créé par les pères fondateurs, mais qui n'est ni perverse ni pervertie [...] : ce que l'on peut appeler le second ordre cistercien. En 1334, un cistercien, ancien abbé de l'abbaye de Fontfroide, accède à la dignité papale sous le nom de Benoît XII.

Sous son pontificat, l'ordre gagne en cohérence et conçoit une nouvelle organisation en 1336, sous la forme de la Constitution "Benedictina" :  le Chapitre général exerce dorénavant un contrôle plus étroit sur la gestion des finances et des biens fonciers des abbayes, charge qui auparavant relevait du seul pouvoir de l'abbé. L'ordre, fidèle à l'esprit des premiers temps, apparaît ainsi dans la première moitié du XIVe siècle comme jouissant d'un ascendant sur l'ensemble de la Chrétienté.
La Constitution souligne l'importance de son action au sein de l'Église :
" Brillant comme l'étoile du matin dans un ciel chargé de nuages, le Saint Ordre cistercien, par ses bonnes œuvres et son exemple édifiant, partage le combat de l'Église militante. Par la douceur de la sainte contemplation et les mérites d'une vie pure, il s'efforce de gravir avec Marie la montagne de Dieu, tandis que par une louable activité et de pieux services, il cherche à imiter les soins empressés de Marthe [...] cet ordre a mérité de se répandre d'une extrémité à l'autre de l'Europe ". -
Benoît XII, "Constitution Benedectina", 1335.