Hommes de prière, de silence et de travail, le succès des cisterciens fut tel qu'il provoqua évidemment des jalousies et leur richesse fit de nombreux envieux. Dépêché par le Pape en Occitanie pour ramener les chrétiens "cathares" dans le chemin de la vraie foi, même Saint Bernard ne parvint pas à ses fins et se heurta dans le domaine religieux aux "Parfaits" cathares, ces prêcheurs qui allaient de village en village, pieds nus, dans le dénuement absolu, vivant de mendicité et qui pourtant connaissaient bien mieux les versets de la Bible que les Prêtres du bas clergé. De cet échec découle la "Croisade contre les Albigeois", un peuple chrétien civilisé, que les Barons du nord menés par Simon de Montfort, transformèrent en génocide ; mais en découlent aussi la création des "ordres prêcheurs", Dominicains et Franciscains, qui imitèrent les "Parfaits cathares" dans leurs prêches pour regagner ces fidèles à la religion. La naissance de la religion réformée vint encore plus déranger ce bel ordonnancement et faire perdre aux cisterciens l'influence qu'ils excerçaient sur la vie politique et les ramener aux principes fondateurs de leur ordre : prière, silence, travail.

Un ordre confronté aux difficultés et aux critiques : recul et réformes

 

Porté par de nombreuses adhésions et donations, mais aussi par une parfaite organisation et une grande maîtrise technique et commerciale dans une Europe en pleine expansion économique, l'ordre devient vite un acteur de premier plan dans tous les secteurs. Mais l'extraordinaire succès économique de l'ordre au XIIe finit par se retourner contre lui.
Les abbayes acceptent de nombreux dons, ceux-ci étant parfois des parts de moulins ou des cens ; elles  recourent donc de fait au fermage ou au métayage, alors qu'à l'origine, c'était par le travail manuel des convers qu'elle exploitait ses terres. Le développement économique est peu compatible avec la vocation initiale de pauvreté qui a fait le succès de l'ordre au XIIe, aussi les vocations diminuant, il devient de plus en plus difficile de recruter des convers.
Les cisterciens recourent alors de manière croissante à une main d'œuvre salariée en contradiction avec les préceptes originaux de l'ordre. Si l'ordre garde au XIVe siècle une réelle puissance économique, il est confronté à la crise économique qui commence et s'aggravera avec la Guerre de Cent ans. Beaucoup d'abbayes s'appauvrissent. Si les monastères cisterciens profitent, durant la Guerre de Cent Ans, de leur relative autonomie, les conflits endommagent nombre d'établissements. En particulier, le royaume de France est mis en coupe réglée par les grandes compagnies, très présentes en Bourgogne et sur ses grands axes commerciaux. En 1360, les frères de Cîteaux doivent trouver refuge à Dijon. Le monastère est livré au pillage en 1438. Frappées par la désaffection et l'effondrement démographique consécutif à la guerre et à la Grande peste, elles sont confrontées à la contraction de leurs communautés.

Au XVIe siècle, l'abbaye de Vauluisant ne compte plus que treize moines, à la fin du siècle seulement dix. Enfin, au XIIIe siècle, avec le développement des villes et des universités, les cisterciens, principalement installés dans des endroits reculés, perdent leur influence intellectuelle au profit des ordres mendiants qui prêchent dans les villes et donnent aux universités leurs plus grands maîtres.

Le Grand schisme d'Occident porte un second coup à l'organisation de l'ordre. D'une part, l'exacerbation des particularisme nationaux nuit à l'unité ; d'autre part, les deux papes rivalisent de générosité pour s'assurer le soutien des monastères, ce qui porte " un préjudice considérable à l'uniformité de l'observance ".
Les suites du Schisme et en particulier les guerres hussites, sont particulièrement douloureuses aux monastères situées aux confins orientaux de l'Europe. Les abbayes de Hongrie, de Grèce et de Syrie sont détruites lors des conquêtes ottomanes. La tenue d'un Chapitre général plénier devient dans ces conditions de plus en plus difficile du fait des conflits armés mais aussi des distances qui séparent les différentes communautés. En 1560, seul treize abbés y sont présents. Les mutations médiévales et les crises politiques et religieuses des XIVe et XVe siècles obligent l'ordre à s'adapter.
Le clergé et le pouvoir royal français critiquent de plus en plus violemment ses privilèges.
Au XVe siècle, des obédiences nouvelles voient le jour et des efforts sont faits pour conserver l'unité originelle et restaurer l'édifice cistercien.
Les XVe et XVIe siècles apparaissent dès lors comme une période d'essor des congrégations au sein de l'ordre. Avec la multiplication des propriétés foncières, d'autres dérives voient le jour dès le XVe siècle : abbés absents ou mondains, ou encore mode de vie seigneurial de plus en plus marqué.
L'introduction du système de la "commende" au XVe siècle, par lequel le roi nomme un abbé laïc dont le premier souci est souvent d'en tirer le maximum de bénéfices financiers, ne fait qu'accentuer cet état de fait. La papauté d'Avignon décide de changer le mode d'élection des abbés, désormais non plus élus par leur communauté, mais nommés par les princes ou le souverain pontife. Le recrutement se fait de plus en plus au sein de prélats séculiers, loin des préoccupations monastiques mais soucieux des revenus abbatiaux. Ce système de commende se montre particulièrement désastreux dans les espaces français et italiens, espaces qui connaissent au XVIe siècle une détérioration rapide des bâtiments cisterciens. Un certain laxisme gagne certaines abbayes.

Les régions orientales d'Occident et de la péninsule ibérique ne connaissent pas la même situation. Les bâtiments de Bohème, Pologne, Bavière, Espagne et Portugal sont gagnés par un mouvement de reconstruction d'inspiration baroque. Toutefois, certaines volontés de réformes se font jour dans le royaume de France.
Le Chapitre général de 1422 se montre clair sur la question : « Notre Ordre, dans les différentes parties du monde où il se trouve répandu, apparaît comme déformé et déchu en ce qui touche à la discipline régulière et à la vie monastique". Le système des visites est restauré. L'urgence de la réforme apparaît bientôt à l'ordre tout entier.
Une "Rubrique des définiteurs" est promulguée en 1439 pour rappeler les exigences de la vie monacale, les diverses interdictions vestimentaires et alimentaires et la nécessité de dénoncer les pratiques abusives. Le Saint-Siège décide dans ces mêmes années d'abolir la pratique commanditaire.
C'est dans ce contexte qu'un mouvement de réaffirmation de la discipline et des exigences spirituelles se développe aux Pays-Bas, en Bohème, puis en Pologne avant de gagner l'Europe entière. Des monastères se réunissent localement, sous l'impulsion des communautés ou du pouvoir pontifical, pour former des congrégations de plus en plus autonomes du Chapitre général.
Jean de Cirey, abbé de Cîteaux, retrouve cependant, à la faveur de la reconquête de la Bourgogne par Louis XI de France, son rôle de chef de l'ordre, rôle qu'il avait perdu depuis le "Grand Schisme d'Occident". Il réunit les plus influents abbés au Collège des Bernardins en 1494, où sont promulgués les articles réformateurs dits « de Paris ». Si ces derniers sont bien accueillis, la réforme est cependant peu perceptible et reste souvent le fait d'initiatives individuelles éphémères. Le mouvement de réforme protestante bouleverse profondément la donne. Un grand mouvement de défection touche les communautés du nord de l'Europe et les princes gagnés à la Réforme confisquent les biens de l'ordre. Les monastères anglais, puis écossais et enfin irlandais le sont entre 1536 et 1580. Plus de 200 établissements disparaissent avant la fin du XVIIe siècle. Avec la défection de l'Angleterre et de nombres d'États germaniques passés à la Réforme, l'histoire de l'ordre se trouve alors recentrée pour deux siècles dans le royaume de France.

L'ordre à l'heure de la Contre-Réforme

 

Avec le mouvement de réforme catholique, l'ordre cistercien connaît de profondes modifications sur le plan constitutionnel.

L'organisation se fait provinciale, des modifications sont apportées à l'administration centrale. Des Congrégations, aux liens ténus ou inexistants avec la maison mère et le Chapitre général, fleurissent dans l'Europe entière. En France, une réforme d'un caractère original voit le jour sous l'impulsion de l'abbé Jean de la Barrière(1544 - 1600). L'ancien commendataire du monastère des Feuillants en
Haute-Garonne, fonde la congrégation des Feuillants, approuvée par Sixte V dès 1586.
Il établit une tradition d'une particulière austérité dans sa communauté par un retour à l'idéal primitif cistercien. Il trouve des imitateurs en Italie et au Luxembourg. Le Chapitre général, dans ces conditions, devient une institution caduque. On ne compte qu'une seule de ses réunions de 1699 à 1738. En définitive, cet état de fait profite à l'abbé de Cîteaux, seule autorité présentant aux yeux du monde un gage de visibilité, qui dans les sources est souvent décrit comme "abbé général".
En 1601, un noviciat commun est imposé pour maintenir une discipline unique et pour palier aux difficultés de recrutement.
Au XVIIe siècle, l'histoire de l'ordre est troublée par un conflit que l'historiographie a retenu sous le nom de « guerre des Observances » qui s'étend de 1618 aux premières années du XVIIIe siècle. Il suscite d'âpres et nombreuses polémiques au sein de la famille cistercienne. Ce conflit repose, en apparence du moins, sur les respects d'obligations régulières, en particulier l'abstention de consommation de viande. Au-delà, c'est bien l'acceptation ou le refus de l'ascétisme qui est en jeu. La controverse se double de conflits locaux entre les monastères rivaux. À l'origine, suivant l'exemple d'Octave Arnolfini, abbé de Châtillon, et d'Étienne Maugier, Denis Largentier introduit une réforme d'une grande austérité à Clairvaux et au sein de ses filiales entre 1615 et 1618.
Puis, devant le Chapitre général en 1618, une proposition de généralisation est présentée puis adoptée.C'est là l'acte de naissance de l'Étroite Observance.
Grégoire XV soutient l'initiative des réformateurs. Mais, après la tenue d'une assemblée, la congrégation soulève contre elle le mécontentement de l'abbé de Cîteaux, Pierre de Nivelle, qui s'empresse de dénoncer « une prétendue congrégation qui tend à la division, à la séparation et au schisme, [et] qui ne peut en aucune manière être tolérée ».
En 1635, le cardinal de Richelieu convoque un chapitre « national » à Cîteaux à l'issue duquel Pierre de Nivelle est contraint d'abdiquer. Les deux parties finissent par disposer de structures administratives propres ; mais si l'Étroite Observance conserve le droit d'envoyer dix abbés au Définitoire, elle reste soumise à Cîteaux et au Chapitre général. L'expérience d'Armand Jean Le Bouthillier de Rancé à l'abbaye de la Trappe, par son influence, reste emblématique de l'exigence de la stricte observance et des visées réformatrices. Son influence au sein de son monastère comme dans le monde en fait un modèle de vie monastique du "Grand Siècle".

Un siècle de déclin

Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, des critiques virulentes sont énoncées à l'encontre du monachisme.
En France, l'ordre est profondément ébranlé en cette fin de siècle où les vocations se font rares et où l'engouement pour un monachisme austère a fait place à l'adoption d'une vie monastique beaucoup moins exigeante et donc plus exposée aux critiques, même si on détecte encore des foyers de ferveur et de fidélité aux origines, et même des initiatives.
En 1782, à l'initiative de Joseph II d'Autriche, une éphémère Congrégation belge voit le jour avant que les Cisterciens soient chassés de ses terres l'année suivante.
En février 1790, l'Assemblée nationale française vote la suppression de l'ordre pour motif d'inutilité. Au lendemain de la Révolution française ne subsiste en Europe qu'une douzaine d'établissements cisterciens. La Stricte Observance se relève en Suisse, au sein de la chartreuse de La Valsainte après avoir été chassée de La Trappe qui n'est restaurée qu'après la défaite de Napoléon Bonaparte.
Les abbayes rescapées des guerres et des expulsions commencent à recréer des liens, à restaurer les Congrégations.
La destruction de l'abbaye de Cîteaux a privé l'ordre de son chef naturel et le renforcement des nationalismes en Europe ne facilite pas la recherche d'une solution commune. Une première réunion d'abbés cisterciens se tient à Rome en 1869. En 1891, un abbé général est élu : Dom Wackarz, abbé de Vissy Brod (Empire austro-hongrois). Il porte par la suite le titre de président général de l'ordre cistercien. En France, les trappistes se réunissent en 1892 sous l'appellation « Cisterciens réformés de Notre-Dame de la Trappe ».
À partir de 1898, les chapitres généraux se tiennent à Cîteaux, récemment récupéré. L'abbé général est installé à Rome.